Après le départ de Samantha Carter de la tête d'Atlantis (cf. cette news), dû aux projets d'Amanda Tapping pour la série Sanctuary, le personnage de Richard Woolsey (Robert Picardo) rejoint le casting de Stargate Atlantis pour prendre les commandes de l'expédition. Amanda Tapping sera présente dans le premier épisode de la saison 5, Search and Rescue. Elle fera sans doute d'autres apparitions, en fonction des disponibilités de l'actrice.

On notera aussi que Paul McGillion (Carson Beckett) sera de retour pour 5 épisodes, de même que Michael Shanks qui fera quelques apparitions. Enfin Jewel Staite devient un membre du casting principal de la série.