Cowen est le chef des Geniis, une culture rencontrée par l'équipe Atlantis qui désirait faire un échange de médicaments contre de la nourriture. Cowen était intéressé par la proposition de Sheppard, mais il désire obtenir quelque chose de plus car les Geniis devraient défricher beaucoup plus de terre pour fournir les habitants de Atlantis. Sheppard fit alors exploser un tronc d'arbre avec une charge d'explosif pour démontrer qu'ils pourraient les aider dans ce domaine également. Mais maintenant, Cowen désirait le C4 ainsi que les médicaments en échange de nourriture. Sheppard et McKay découvrirent alors que les Geniis n'étaient pas de simple fermier et que ces derniers développaient des armes nucléaires dans le but d'éliminer les Wraiths. Cowen, ainsi que Tyrus, participèrent avec l'équipe Atlantis lors d'une mission à bord d'un vaisseau ruche Wraith. Tyrus fut tué lors de cette mission et Cowen menaça alors de tuer l'équipe Atlantis s'il ne lui donnait pas leurs armes et le Puddle Jumper. Heureusement, Sheppard avait prévu le coup et l'équipe pu repartir indemne sur Atlantis grâce à une ruse de Sheppard. Quelques temps plus tard, Cowen ordonna à Kolya et quelques soldats Geniis d'envahir Atlantis pour récupérer un module de données Wraith.