Colonel de l'US Air Force, Ellis est aux commandes du vaisseau terrien Apollo.
Il effectue sa première venue dans Pégase avec l'Apollo et en profite pour prendre des photos de la planète Asura. Les photos montrent que les Asuran construisent toute une flotte de vaisseaux de guerre. Décision est prise que l'Apollo devra détruire les chantiers de construction avec plusieurs missiles de type Mark IX. La mission est un succès. Ellis a des relations tumulteuses avec le docteur Weir durant son dernier jour de commandement.
Avec son vaisseau, le colonel part à la recherche de la cité d'Atlantis perdue dans l'espace au cours de l'épisode Lifeline. Toujours aux commandes de son vaisseau l'Apollo, il participera victorieusement à la bataille spatiale en orbite de la planète Asura.