Peu de temps après l’arrivée sur Atlantis, il fut décidé de créer un Site Alpha dans l’éventualité où l’expédition devrait évacuer Atlantis. Lorsque l’expédition Atlantis effectua des expériences pour transformer un Wraith en humain, ils n’eurent pas le choix de transférer Michael, leur cobaye, sur le Site Alpha avant que ce dernier ne révèle leur position aux Wraiths. Michael réussissa cependant à s’enfuir du Site Alpha par la Porte des Étoiles. Le Site Alpha est situé dans une petite vallée non loin de la Porte des Étoiles locale.