Isolée dans une galaxie inconnue, l'équipe d'Atlantis est confrontée à un terrifiant ennemi : les Wraiths. Sheppard lance alors une mission de sauvetage pour libérer ses compagnons captifs.

Isolée dans une galaxie inconnue, l'équipe d'Atlantis est confrontée à un terrifiant ennemi : les Wraiths. Sheppard lance alors une mission de sauvetage pour libérer ses compagnons captifs.

McKay se porte volontaire pour expérimenter le gène des Anciens. Mais il déchante vite lorsqu'il est incapable de désactiver son bouclier personnel. En même temps, une entité ère dans la cité.

En plein combat avec les Wraiths, Sheppard se fait piquer par un insecte. Alors qu'ils fuient vers la Porte, les Wraiths touchent le Jumper, et ce dernier se retrouve bloquer dans la Porte.

L'équipe de Sheppard est victime de plusieurs attaques lors de mission d'exploration. Bates et Weir en déduisent qu'il y a un espion dans les rangs. Mais qui ?

L'équipe atterrit sur une planète peuplée d'enfants. Leur jeunesse serait un frein aux récoltes des Wraiths. Mais Rodney découvre un E2PZ dans des ruines et décide de le tester sur Atlantis.

L'équipe rencontre les Hoffans. Ces derniers ont archivé leur savoir afin de mettre au point un sérum contre les Wraiths. Beckett est prêt à les aider pour perfectionner ce sérum.

Les provisions se font rares sur la cité, et l'équipe va essayer de commercer avec les Genii. Mais cette alliance sera vouée à l'échec quand ils découvriront le vrai visage de ce peuple.

En explorant une planète, Rodney découvre un moyen de revenir sur Terre. Mais leur monde ne ressemble pas à celui qu'ils ont quitté, et le retour vers Atlantis se révèle problématique.

Une énorme tempête menace la cité et les Athosiens. Alors que Weir et Sheppard préparent l'évacuation, les Genii profitent de la situation pour envahir Atlantis.

La tempête redouble d'intensité, et un raz de marrée menace la cité. McKay tente alors d'utiliser la foudre pour alimenter le bouclier de protection et éviter sa destruction.

Alors qu'ils partent explorer un satellite Ancien, Sheppard et McKay détectent l'épave d'un vaisseau Wraith. Mais son exploration tourne mal lorsqu'ils se face à face avec le seul survivant.

Alors qu'ils inspectent la cité, McKay et son équipe sont contaminés par un virus. Malgré la quarantaine, les premières victimes décèdent, menaçant Atlantis lorsque la quarantaine est brisée.

L'équipe découvre un monde protégé des Wraiths, dominé par Chaya. Pour la convaincre de partager ce refuge, John l'amène sur Atlantis. Mais Rodney pense qu'elle leur cache quelque chose.

En explorant Atlantis, l'équipe découvre un laboratoire enfermant une femme. Après réanimation, ils découvrent avec stupeur qu'il s'agit du docteur Weir, endormie depuis 10 000 ans.

En parcourant les archives de Dagan, l'équipe découvre qu'un E2PZ fût confié à une communauté. Décidés à le retrouver, ils se lancent dans cette quête. Mais rapidement Kolya va les rejoindre.

La cité est menacée par l'arrivée imminente de vaisseaux ruches. McKay trouve alors une astuce pour envoyer un message de détresse et des informations sur Atlantis au SGC.

Victime de cauchemar, Teyla part en mission avec l'équipe dans une ancienne base Wraith. Après des analyses, Beckett et Rodney découvrent que la jeune femme possède de l'ADN Wraith.

Alors que trois vaisseaux volent vers la cité, McKay parvient à activer le satellite de défense. Pendant ce temps, Zelenka prépare l'autodestruction de la cité, et le major découvre un espion.

Alors que la cité est évacuée, un contingent militaire arrive de la Terre, mais malgré son aide la cité semble perdue.