L'équipe tente désespérément d'empêcher deux vaisseaux ruches d'atteindre la Terre. Sheppard doit faire équipe avec un vieil ennemi pour sauver McKay et Ronon.

L'équipe doit décider de l'avenir des rescapés Wraiths qu'ils ont transformés en humains. Sur Terre, les décisions d'Elizabeth sont remises en doute par le conseil d'administration.

Sheppard rencontre un homme qui est adoré par tous ceux qui le côtoie. La présence de cet homme sur Atlantis produit rapidement des effets étranges chez les membres de l'expédition.

Ronox Dex est capturé par un commandant Wraith qui le ramène sur Sateda dans le but de terminer la partie de chasse débuter plusieurs années auparavant.

L'expédition Atlantis découvre accidentellement un monde peuplé par des Ancien ayant toujours la forme humaine. Une délégation est envoyée mais est rapidement fait prisonnière.

Elizabeth se réveille sur Terre dans un institut psychiatrique. On lui apprend alors que la Porte des Étoiles et Atlantis ne sont que le produit de son imagination.

Sheppard est capturé par le commandant Genii Kolya. Ce dernier menace de ce servir de Sheppard comme nourriture pour un Wraith si Elizabeth ne lui fournie pas ce qu'il demande.

Rodney retourne sur Terre pour recruter l'aide de sa soeur, Jeannie, qui abandonna une brillante carrière scientifique pour s'occuper de sa famille.

Le comportement des membres de l'équipe est influencé par une technologie extraterrestre lors d'une mission pour secourir une équipe porté disparue.

Le Dédale rencontre un vaisseau spatial endommagé ayant à son bord des Anciens. De retour sur Atlantis, les Anciens reprennent le contrôle de la cité et exigent le départ de l'expédition.

L'équipe doit secourir le Général O'neill et Richard Woolsey qui ont été fait prisonniers par les Asurans sur Atlantis.

Les habitants d'Atlantis commencent à subir d'étranges visions et à tomber malade lorsque plusieurs balènes se dirigent vers la cité.

L'équipe rencontre de nouveau Lucius manipulant les habitants d'une autre planète sans défense grâce à une technologie des Anciens qui semblent le rendre invincible.

Rodney acquiert de nouvelles capacités mentales et décide de recalibrer l'EP2Z d'Atlantis. Cependant, il découvre rapidement que ses nouvelles capacités pourraient s'avérer mortelles.

Sheppard et McKay découvre que l'un de leurs jeux vidéo contrôle la population d'une vraie planète dans la galaxie de Pégase et que cette dernière est sur le point d'entrer en guerre.

Les derniers survivants d'une civilisation sont retrouvés en hibernation. Leur survie est menacée lorsque leur équipement d'hibernation est sévèrement endommagé.

Une journée de repos pour les membres de l'expédition Atlantis se transforme en tragédie lorsqu'une explosion retentie dans la cité.

L'équipe part explorer une station géothermale sous-marine délaissée par les Anciens mais ils découvriront rapidement que la station n'est peut-être pas tout à faite déserte.

Lorsque l'expédition perd contact avec le village des Taraniens, Sheppard et son équipe mènent l'enquête et découvre que Michael serait responsable de la situation.

La Terre lance une attaque contre le monde natal des Asurans lorsque l'on découvre que ceux-ci sont entrain de construire une flotte de vaisseaux de combat.