Spoiler
L'équipe de Sheppard découvre une cité semblable à Atlantis. Mais alors qu'ils désirent rendre compte de leur découverte au Dc Weir, la Porte des Etoiles refuse de les laisser quitter la planète...
2 – City 2/2
Avec l'aide de l'Orion, une nouvelle expédition se prépare à s'emparer de la cité. Pendant ce temps là, McKay fait d'importantes découvertes sur la flotte Ancienne.
3 – Au front
Décidant de tester la force de frappe dont ils disposent, les dirigeants de la nouvelles cité lancent une attaque sur une flotte de ruches wraith.
4 – Saviadra
L'équipe d'élite de la nouvelle cité voyage en Jumper jusqu'à un monde nommé Saviadra, ravagé par une puissante épidémie.
5 – Alerte Maximum
Le commandement de la nouvelle cité tente d'établir une paix durable entre les terriens et les Genii. Le Dc Weir est mit à l'écart et désaprouve : les relations entre les deux cités se dégradent.
6 – Arcturus Project
Les scientifiques de la nouvelle cité découvrent une base des Anciens sur une lune et désident de l'explorer. Le projet Acturus aurait débuter dans ces labos. Ne pouvant se passer de son aide, le commandemant de la cité requiert l'aide du Dc McKay, mais le Dc Weir souhaite poser quelques conditions...
7 – Diplomatie
Le dirigeant de la nouvelle cité se rend sur Atlantis pour l'inclure au traité terrien-Genii. Mais le voyage est perturbé car le Dédale traverse un champ de météores.
8 – Infection ½
Découvrant que le virus des wraith n'a pas totalement été éliminé, les scientifiques de la nouvelle cité tentent le tout pour le tout...
9 – Infection 2/2
Devant la menace d'un génocide au gaz, les scientifiques essaient de détruire le virus...
10 – Nouvelle Alliance
Une ruche wraith s'écrase non loin de la cité. Les scientifiques découvrent vite que son équipage a été transformé par le rétrovirus de Beckett.
11 - StarFleet ½
L'équipe de la nouvelle cité utilise la Porte pour explorer une planète très habitée et disposant d'une plate-forme orbitale des Anciens pour se protéger des wraith. Il se pourrait qu'ils disposent d'autres technologies...
12 – StarFleet 2/2
Enfermés dans une prison Ancienne, les membres de l'équipe tentent de s'échapper et de voler un puissant prototype des Anciens.
13 – Diplomate Universel
Atlantis contact le commandement de la nouvelle cité, les wraith et les Genii veulent négocier un traité de paix à l'échelle galactique. Mais il semblerait que les véritables intentions des wraith soient tout autre.
14 – Hors d'atteinte
Sheppard part retrouver Chaya sur son monde, alors que celui-ci est assiégé par une horde de wraith. Le Dc Weir réclame alors l'assistance de la flotte de la nouvelle cité.
15 – Les Ruines
L'équipe de la nouvelle cité débarque sur un monde désert, et finit par y découvrir une autre cité. Elle est gravement endommagée et semble avoir servit de cible au wraith, mais la clé pour trouver les autres cités est peut-être à l'intérieur.
16 – La Sentinelle
Grâce aux informations tirées des ruines, les savants de la nouvelle cité localise un puissant mécanisme de défense des Anciens appelé : la Sentinelle.
17 – Les Ancêtres
Grâce aux espions Genii, l'équipe de la nouvelle cité prend contact avec un peuple technologiquement très évolué, qui dispose d'une large connaissance de la technologie Ancienne.
18 – Sommet
Les Asgards se déplacent jusqu'à la nouvelle cité. Thor informe le commandement qu'une armada de wraith se prépare à envahir les galaxies humaine et asgard. Un gigantesque plan d'attaque est mit sur pied pour détruire la flotte d'invasion avant son départ.
19 – La Grande Campagne de Pégase
L'assaut se poursuit pour empécher les wraith de détruire les asgards et de trouver la Terre. Pendant ce temps, Atlantis contact le SGC pour lui demander d'intervenir : la nouvelle cité a l'intention de déclarer son indépendance.
20 – New Atlantis
Avec l'appuit de sa population, le commandement de la nouvelle cité déclare l'indépendance de New Atlantis. Le Dc Weir utilise alors l'Orion pour attaquer l'autre cité. Au dehors, la bataille pour détruire l'armada wraith continue...
