Le Colonel Simmons dirige secrètement une opération pour créer des guerriers jaffas humains pour combattre les Goa’ulds. Lorsque le Major Carter, Teal’c et le Dr Fraiser découvre accidentellement l’opération dans un centre d’entraînement situé sur un autre monde, ils sont capturés et disparaissent rapidement. Il ne reste que O’neill et Jackson pour effectuer une mission de secours.