Grâce à un ZPM, l'expédition Atlantis est capable d'activer le bouclier de la cité pour repousser les attaques des Wraiths.

Le Dédale effectue un atterrisage sur Atlantis pour être protéger par le bouclier de la cité.

Dès leur arrivée dans le système solaire d'Atlantis, plusieurs vaisseaux ruches attaquent vigoureusement la cité d'Atlantis.

Dans le but de dissimuler Atlantis, le Dédale fait exploser une bombe nucléaire au dessus du bouclier de la cité.

Deux vaisseaux ruches de clans différents s'affrontent jusqu'à leur destruction mutuelle.

Suite à une défaillance technique, un Puddle Jumper avec à son bord McKay s'écrase dans l'océan entourant Atlantis.