Le Major Général Bauer fût assigné au commandement du SGC par le Pentagone lorsque le Général Hammond décida de prendre sa retraite. Il fit tester une bombe nucléaire enrichie au Naquadah malgré les recommandations de Carter qui suggérait de retarder l'essai pour effectuer plus d'analyse. L'explosion de la bombe causa presque la perte du SGC et le Major Général Bauer ce vu retiré le contrôle du SGC lorsque O'neill parvint à démontrer que c'était le NID qui avait forcé Hammond à prendre une retraite anticipée.