Dans sa salle de bain, Jack fait des mots croisés. Daniel l'appelle : il a traduit une partis du texte trouvé par Sg-2 sur P3X-439. Il parle de la connaissance des Anciens. Daniel suppose qu'il y a une bibliothèque sur place. Daniel lui explique qu'il est possible de récupérer ces connaissances sans les transférer dans le cerveau de quelqu'un. Mais Jack est très peu intéressé par la conversation. Jack lui demande alors de l'aide pour les mots. Daniel a promis à Sam de ne pas l'aider, mais il lui donne quand même mais Jack ne comprend pas qu'il s'agit du mot.

Pendant ce temps, à la capitale, une femme, le Dr Weir, sort de chez elle. Elle se dispute un taxi avec un passant, quand une limousine vient la chercher. Une fois dedans, le vice-président l'accueille. Sur le trajet de la Maison Blanche, il la briefe sur son futur poste. Il lui parle de la Porte des Etoiles, puis lui remet un dossier.

Au SGC, Jack arrive enfin, mais en retard. Le reste de l'équipe l'attend à la sortie de l'ascenseur car Hammond veut les voir. Jack remet à Carter la grille de mot puis ils se dirigent vers la salle de réunion. Là, Sam explique qu'ils vont partir sur la planète chercher la bibliothèque des Anciens, soutenu par Sg-3 et 5 car il se peut qu'Anubis l'ait découverte aussi. Hammond les rejoint et la réunion commence. Jack est un peu méfiant à cause de son expérience avec les bibliothèques des Anciens (cf. « La cinquième Race »). Mais Daniel lui explique qu'il s'agit de la seule solution pour trouver la Cité des Anciens. Jack préconise alors d'appeler Thor en cas de besoin, mais Sam lui dit qu'il ne répond pas aux différents appels lancés. Le Général autorise la mission.

A la maison blanche, Kinsey montre tous les rapports que Weir devra lire pour son nouveau poste.

Une fois sur la planète, Sg-1 se dirige vers les ruines d'un ancien monument. En orbite, un Ha'tak et deux Alkeshs sortent de l'hyperespace. Une fois aux ruines, Daniel ne trouve rien. Il sait seulement que l'appareil est caché à l'intérieur de la statue. O'Neill lui s'étonne de ne pas avoir vu un seul Goa'uld. En touchant des glyphes, Daniel fait apparaître la bibliothèque. Tous s'en écartent. O'Neill prévient Sg-3 de la découverte. Pendant ce temps, des planeurs de la mort sortent de l'Ha'tak, et se dirigent vers la planète avec les Alkeshs. Sur la planète, Daniel s'approche de la bibliothèque qui s'ouvre. Prés de la Porte, le reste des soldats humains sont attaqués par les Goa'ulds. Ils contactent la Terre et en informe Sg-1. Jack décide de poser du C4 sur l'appareil. Les appareils ennemis reviennent à la charge. Daniel se porte volontaire pour transférer les données dans son cerveau, mais Jack l'en empêche et se dévoue. Jack s'évanouie, Sam fait exploser le C4 et le reste de l'équipe le ramène à la Porte. Ils réussissent à s'enfuir sous le feu ennemi. De retour à la base, Jack explique au Général qu'il a remis le couvert avec les Anciens.

Dans sa maison, Jack prend du repos avant de prendre la tête. Sam lui rend visite. Elle lui dit qu'elle est venue ici au hasard. Jack l'invite à s'asseoir et à boire. Sam lui parle de sa famille, mais Jack préfère éviter le sujet. Elle lui dit qu'elle aurait dû faire le transfert à sa place, mais Jack lui explique qu'elle vaut mieux que çà. Soudain, Daniel et Teal'c frappe à la porte. Eux aussi sont passés par là au hasard. Ils ont apporté avec eux des donuts.

Sur la planète, Anubis interroge ses Jaffas sur la bibliothèque. L'un d'eux explique que les humains de la Tauri l'ont détruit. Pour les punir, Anubis ordonne à ses deux « super soldats » de les tuer.

Chez Jack, la discussion tourne autour d'une analogie entre « les simpsons » et les Goa'ulds. Il dit que Teal'c est superficiel. Daniel le défend et Teal'c dit une phrase, sans rapport, sur la profondeur. Quelqu'un frappe à la porte : il s'agit du Général Hammond. Il explique qu'il a été relevé de ses fonctions, et la base est fermée trois mois pour enquête. Daniel comprend que Kinsey est derrière toute cette histoire. Il dit que le Dr Weir sera sa remplaçante. Il leur dit de plaider leur cause devant la nouvelle administration.

En salle de débriefing, le Dr Weir regarde la Porte des Etoiles. Daniel la rejoint et entame le dialogue. Il la prévient que remplacer Hammond va être une lourde tache. Elle lui confie qu'elle compte faire son travail du mieux possible. Daniel l'informe de la menace Goa'uld. Soudain la Porte s'active : Bra'tac la franchit. Daniel lui présente le nouveau chef de la base. Il vient les informer qu'Anubis va attaquer la Terre dans trois jours.

A la maison blanche, Hammond rend visite au Président Hayes. Ils parlent tous les deux du programme Porte des Etoiles. Puis le Président lui dit qu'il veut l'affecter à un nouveau poste.

En salle de réunion, Bra'tac informe Sg-1 de l'attaque. Kinsey fait alors son entrée. Weir se présente au reste de l'équipe. Tous s'assoient autour de la table. Kinsey ne croit pas trop à l'attaque d'Anubis. Le ton monte entre Jack et le vice-président. Daniel les informe de la situation d'Anubis. Weir préconise alors de négocier. Jack dit alors qu'il nage en plein « derentis » (il parle à nouveau la langue des Anciens). Sam explique qu'ils sont sur le point de découvrir des armes capables de les défendre, mais Kinsey n'y croit toujours pas. Jack demande alors d'utiliser la Porte pour aller sur la cité des Anciens si il la trouve. Kinsey refuse, mais Weir décide d'y réfléchir. Bra'tac et Teal'c décide de retourner sur Chulak pour trouver des vaisseaux et des guerriers prêts à se battre.

Dans le bureau du Dr Weir, Kinsey s'énerve contre elle. Elle lui dit alors qu'elle est la seule à pouvoir prendre de telles décisions.

En salle d'embarquement, Jack dit adieu à Teal'c et à Bra'tac. Ils souhaitent bonne chance au reste de l'équipe et partent.

Quelques temps plus tard, dans le laboratoire du Dr Jackson, Jack remplit toujours une grille de mot croisé. Daniel n'arrête pas de lui poser des questions sur des mots Anciens. Jack lui explique que la dernière fois, il disait juste ce qui lui passait par la « fron ». Sam les rejoint. Daniel découvre sur la grille, Jack a écrit des mots Anciens comme « taonas » et « praclarush ». Daniel pense qu'il a écrit le nom de la planète de la Cité Perdue. Puis Jack se lève et part à la cantine.

Une fois à table, Daniel essaye de traduire « praclarush taonas ». Jack saisit l'écuissons de Daniel et montre le logo de la Terre en y associant le « at ». Daniel lui montre alors un autre glyphe de la Porte et Jack prononce le son « sh ». Daniel pense alors que les symboles de la Porte correspondent à des sons les identifiants.

Quelques temps plus tard, Daniel expose sa découverte au Dr Weir. Sam dit qu'ils ont déjà essayé de composer les coordonnées de cette planète, en vain.

De son côté, Jack prépare son voyage. Il prend un tas d'outils et de matériel. Sur Chulak, Teal'c et Bra'tac rencontrent un certain Ronan. Il possède un vaisseau et prétend être un bon pilote. Ils acceptent sa compagnie pour cette mission.

Sur Terre, le reste de l'équipe s'apprête à partir.

Une fois dans le vaisseau, Daniel promet à Jack de tout faire pour le débarrasser du savoir des Anciens. Sam arrive dans la soute et explique qu'il reste encore deux jours de voyage. Jack dit se sentir un peu « cruvis » puis il décide que le vaisseau doit aller plus vite.

En orbite de la Terre, les premiers vaisseaux d'Anubis arrivent. Le Président est aussitôt informé de la situation. Hammond pense qu'il s'agit d'une tactique d'Anubis pour tester les défenses de la planète. Un autre militaire dit que le Prométhée et la flotte de 302 sont prêts. Hammond préfère ne pas attaquer et laisser à Sg-1 le temps de réussir leur mission.

Dans le vaisseau cargo, Jack bricole les moteurs pour que l'engin aille plus vite. Samantha lui dit qu'Hammond l'a autorisé à prendre les commandes de la mission quand il ira mal. Jack décide alors de na pas attendre et lui donne le commandement.

De son coté, le prima d'Anubis indique à son maître que les humains n'ont pas réagi à l'arrivée de vaisseaux. Anubis décide de lance l'attaque.

Le vaisseau arrive sur la planète indiquée par Jack. Hélas la planète est recouverte de lave en fusion. Mais en inspectant la planète, ils découvrent un dôme.

Sur Terre, une communication est établie entre la maison blanche et des bateaux de la marine. Ils se sont tirés dessus et la liaison est perdue.

Sur la planète, le vaisseau se positionne sur le dôme. Les anneaux de transport percent la lave. Sg-1 explore la cavité. Daniel confirme qu'il s'agit bien d'une construction des Anciens. Jack se place prés d'une chaise. Il s'assoit dessus et enlève son équipement de protection. Puis la chaise se penche en arrière. Un hologramme apparaît : il s'agit d'une carte de la galaxie. Puis il montre le système solaire et la Terre. Jack dit alors « Terra Atlantis ». Daniel comprend alors que la cité des Anciens est sur la Terre, sous la glace de l'Antarctique. Puis il se lève d la chaise, remet son équipement. Il se penche sur le socle et en retire un objet qui semble être une source d'énergie (un ZPM), puis ils fuient. Sam demande alors à Bra'tac de venir les chercher.

Dans le vaisseau, Ronan poignarde Bra'tac. Hélas pour lui, Bra'tac ne porte plus de symbiote (cf. « La porte des rêves »). Le combat s'engage entre eux, et Bra'tac parvient à prendre le dessus. Il se positionne juste à temps sur le dôme est transfert Sg-1 dans le vaisseau. Bra'tac est très souffrant. Jack se place à coté de lui et soigne sa blessure. Teal'c prend les commandes de l'appareil et ils repartent vers la Terre.

Dans le bureau ovale, une réunion de crise se déroule. C'est alors qu'apparaît Anubis. Les gardes lui tirent dessus, mais il s'agit d'un hologramme. Anubis dit alors qu'ils doivent se soumettre sinon il détruira la Terre. Le Président le tourne en ridicule et lui propose de parler de ses conditions de reddition. Puis Anubis disparaît.

En orbite autour de la Terre, toute la flotte du Goa'uld est arrivée. Le Président en est aussitôt informé. Kinsey préconise alors de partir pour le site Alpha, mais le Président refuse de partir. Kinsey quitte alors la pièce. Le président propose alors un nouveau travail à Hammond.

Dans le vaisseau cargo, Jack bricole les anneaux de transport. Teal'c vient l'informer de la situation autour de la Terre.

Sur Terre, toutes les communications sont brouillées à cause des tirs de l'ennemi. Les médias diffusent la version officielle de ces perturbations.

Au SGC, Kinsey s'apprête à quitter la planète. Le Dr Weir lui exprime son ressentit. Soudain la Porte se coupe toute seule. L'iris est fermé, et quelqu'un essaye d'ouvrir un passage vers al Terre. Une bombe vient s'écraser contre l'iris. La base reçoit un message de Sg-1 qui s'approche de la Terre. Weir contacte alors le Président pour que le Prométhée fasse diversion le temps que Sg-1 rallie la planète. Kinsey décide alors de prendre le commandement de la base. Hayes lui dit alors de la fermer : il accepte la démission de Kinsey.

De son côté, Hammond est devenu le nouveau commandant du Prométhée. Le vaisseau décolle

Sg-1 arrive vers la Terre Bra'tac explique qu'ils sortiront de l'hyperespace une fois dans l'atmosphère pour éviter la flotte d'Anubis. Le vaisseau quitte l'hyperespace et plonge en piquet vers l'antarctique. Ils parviennent à redresser le vaisseau juste à temps. Jack prend les commandes de l'appareil et le dirige vers un endroit.

Dans son vaisseau, Anubis est informé de l'arrivée de Sg-1.

Une fois positionné, les anneaux de transports font fondre la glace. Hélas, des vaisseaux ennemis se dirigent vers leur position. Mais une seconde flotte arrive en sens inverse : il s'agit du Prométhée et des F-302. Le combat s'engage entre les deux camps. Sg-1 utilise les anneaux pour se rendre dans une sorte de base similaire à celle de Praclarush. Le vaisseau cargo et le Prométhée quittent leur position. Dans la cavité, Jack touche un objet et dit « dormata ». Puis il se dirige vers la salle principale où il voit un hologramme d'Anubis. Jack prend le ZPM et le met à la place d'un vide. Au même moment, des « super soldats » d'Anubis sont transportés dans la base. Le combat s'engage entre eux et le reste de l'équipe.

Dans l'espace, le Prométhée fille vers le vaisseau amiral d'Anubis.

Dans la grotte, Jack s'assoit sur la chaise. Il la manipule et sortent du sol des milliers de drones qui tuent tous les Goa'ulds, y compris le vaisseau mère d'Anubis.

Une fois la riposte finie, Hammond confirme au Président qu'Anubis a été détruit.

Dans la grotte, Jack dit « dormata ». Daniel comprend alors qu'il faut le mettre dans l'appareil qu'il a montré tout à l'heure. Une fois à l'intérieur, O'Neill leur dit au revoir. Puis une lueur apparaît et l'emprisonne dans une sorte de glace. Daniel comprend ensuite qu'ils sont justes dans un avant poste des Anciens et non pas dans la Cité Perdue.