Le SGC reçoit la visite de Jacob Carter. En salle d'embarquement, il les félicite de leur victoire face à Hathor. Il leur annonce que la Tok'ra a besoin de leur aide pour chasser un Goa'uld. En salle de réunion, il leur montre un hologramme représentant l'arbre généalogique des anciens dieux égyptiens. Jacob explique qu'il s'agit de la hiérarchie des Grands Maîtres Goa'ulds. Teal'c remarque que le symbole de Setesh est instable, le dieu du chaos. Jacob explique que la Tok'ra a effectué un recensement des Seigneurs du Système, mais ils ont perdu la trace de Setesh, depuis que la Porte d'Egypte a été ensevelie. La Tok'ra pense qu'il est toujours sur Terre. Jack n'en croit pas ses oreilles, mais cela est possible si le Goa'uld possède un sarcophage ou si il change d'hôte tous les 400 ans. Jacob explique que la tête de ce Goa'uld est mise à prix car il avait essayé de renverser Ra, et qu'il utilise la Terre comme planque. Jack pense que cette mission est un véritable casse tête, mais Daniel explique qu'en cherchant dans toutes les fausses religions, il sera plus facile de le localiser.

A la fin de la réunion, Sam demande à son père pourquoi il est venu. Dans l'ascenseur, Selmak lui révèle qu'il a insisté pour venir afin de permettre à Jacob de se réconcilier avec son fils, Mark Carter. Mais Jacob reprend la parole, et nie les propose de Selmak. A la sortie de l'ascenseur, Samantha lui dit qu'elle possède le numéro de son frère à San Diego.

Dans le laboratoire du Dr Jackson, Daniel, assisté de Jack et de Teal'c, informe Jacob et Samantha. Il explique qu'il a retrouvé des traces sur le culte de Setesh. Dans l'Egypte ancienne, Setesh était représenté par un animal fictif. Teal'c explique alors que les casques des Jaffas de Sethesh ont donné lui à beaucoup de blagues, et il en raconte une : « un garde serpent, un garde d'Horus et un garde de Setesh se rencontrent. L'ambiance est tendue. Les yeux du serpent luisent, le bec du garde d'Horus brille, et le nez du garde de Setesh coule ». Il se plie de rire, mais personne n'a compris la blague. Daniel reprend alors son exposé. Une fois tué dans la mythologie égyptienne, un dieu similaire apparu en Grèce : Typhon. Puis il disparu jusqu'au 18ème siècle en Angleterre. Un jour tous les disciples de Seth ont été retrouvés morts, mais pas lui. Puis il explique que, selon un mémo de l'ATF, une secte au nord de Seattle à pour gourou un certain Seth, et que ses yeux brillent.

Plus tard, l'équipe et Jacob arrivent sur les lieux où la secte vit, accompagnés du sheriff. C'est alors qu'un certain Jason Levinson apparaît. Il explique que son fils vit dans cette secte depuis 9 mois. Il leur propose alors de l'argent pour sortir son fils de là. Jason donne alors des informations sur la résidence. Teal'c informe O'Neill qu'ils sont surveillés, mais Jack avait déjà remarqué.

L'équipe se poste devant une parcelle de clôture protégée par des taillis. Jack fait sauter la clôture et ils s'infiltrent dans la propriété. Une fois à l'abri, ils observent la villa. Le domaine est puissamment gardé. Jack ordonne alors le repli vers le véhicule. Une fois sorti de la résidence, l'équipe est menacée par l'agent spécial James Hamner et ses hommes de l'ATF.

Quelques temps plus tard, un point de contrôle est déployé autour devant la propriété. Hamner demande ce qui intéresse l'Air Force, mais Jack répond que toutes ces informations sont confidentielles. Hamner lui rétorque qu'il s'adresse à son supérieur, le Général Jacob Carter. Hamner explique que cette propriété appartient à un certain Seth Fargough, et qu'elle est remplie d'armes prohibées. L'agent de l'ATF explique qu'il est là pour négocier. Daniel lui dit alors qu'il ne sait pas à qui il a à faire. Hamner demande alors plus de précisions, mais Jack lui répond que c'est encore une information secret défense. Hamner leur dit alors de coopérer sinon il les mettra en prison. Jacob demande alors si il peut utiliser le téléphone.

Quelques temps plus tard, toujours au point de contrôle, Daniel explique qu'une attaque serait un désastre connaissant les antécédents de Seth. Jacob pense que le Goa'uld a utilisé du « nish'ta » pour laver le cerveau de ses fidèles. Il explique aussi qu'une fois les effets inversés par un choc électrique, l'hôte devient immunisé.

Dans sa tente, Hamner reçoit un coup de fil du Président des USA. Une fois raccroché, il fait venir Jack. Hamner lui explique que le Président lui a demandé de donner à Sg-1 le statut d'agent spécial à titre exceptionnel, et les nomme à la tête de cette opération. Avant de partir, Hamner demande ce que cache Seth. O'Neill décide de lui faire confiance et lui explique que Seth et ses complices possèdent une technologie secrète qui ne doit pas être dévoilé au public. Puis l'équipe entre dans la tente. Jack n'a pas de plan précis pour rentrer dans la maison. Daniel révèle alors que d'après les études archéologiques, beaucoup des chefs construisaient des tunnels de sortie. Jack décide alors d'utiliser les hommes de l'ATF pour rechercher l'entrée d'un tunnel.

Dans la forêt avoisinante, les hommes de l'ATF cherchent l'entrée d'un tunnel. Les équipes peinent, mais soudain, Teal'c repèrent une grille cachée sous des branchages. Là, Sam explique qu'ils seront vites faits prisonniers si ils tentent de rentrer. Jacob pense que lui et Teal'c seront immunisés contre ce produit, mais hélas ils seront vite repérés par Seth à cause des symbiotes qu'ils portent en eux. Sam pense alors avoir une idée pour rentrer dans la maison.

Dans la tente au poste avancé, Sam a créé des oreillettes qui délivreront un choc électrique à distance. Teal'c procède à un test, et Jack et le Dr Jackson reçoivent un électrochoc dans l'oreille.

Quelques minutes plus tard, l'équipe revient devant la grille trouvée dans les bois. Ils descendent l'échelle et suivent un long tunnel. Là Daniel explique que Seth gardait les femmes dans un harem, et les hommes servaient d'eunuques ou de gardes. Ils arrivent devant une porte blindée. Le Colonel O'Neill l'ouvre. Ils arrivent alors dans une pièce circulaire vide. Ils se regroupent au centre, et des anneaux de transport apparaissent. L'équipe se retrouve alors transportée à l'intérieur de la résidence. Là, les gardes de Seth les désarment et les ont agenouiller. Seth leur demande alors qui ils sont, mais Jack répond par la plaisanterie. Seth utilise alors son bracelet pour faire sortir une substance verte des deux statues qui l'entourent. Le nish'ta pénètre alors leur corps et Jack, Daniel et Samantha s'évanouissent.

Quelques temps plus tard, une disciple du Goa'uld réveille Carter. Elle lui souhaite la bienvenue et lui demande de la suivre.

Dans la tête, à l'extérieur, Teal'c surveille à distance ce qu'il se passe à l'intérieur grâce aux oreillettes. Il décide d'activer l'appareil mais Selmak lui explique qu'il est trop tôt. Levinson entre alors et demande si il peut participer. Mais hélas Jacob lui refuse cette requête. Il se sert alors une tasse de café, mais la renverse. Il explique alors qu'il a appris l'histoire de son fils par un colocataire à la faculté, car il avait coupé les liens avec lui depuis six mois. Teal'c ne comprend pas la situation, et Jacob lui explique que les rapports humains sont très compliqués.

Dans la maison, les membres de Sg-1 sont amenés devant Seth. Sam est mise devant lui, qu'en à Jack et Daniel, ils sont désignés pour faire partie de sa garde. Puis les fidèles prononcent des paroles à la gloire de Seth. Mais soudain le Goa'uld sent que Carter a déjà était l'hôte d'un Goa'uld.

A l'extérieur, Teal'c sent qu'il y a un problème. Hamner entre alors dans la tente et demande des précisions sur la situation.

De son côté, Seth interroge les membres de l'équipe : travaille-t-il pour les Grands Maîtres ou pour les Tok'ra. Carter a alors un souvenir et révèle qu'ils agissent pour les Tok'ra.

Dans la tente, Teal'c active le choc électrique.

Dans la maison, Sg-1 reçoit le choc électrique. Jack révèle alors qu'ils sont des déprogrammeurs venus chercher un des disciples, mais Daniel continue à jouer le jeu du fidèle de Seth. Un des gardes de Seth l'informe que la propriété est encerclée par des soldats. Le Gao'uld ordonne alors de tuer les nouveaux venus.

Dans le couloir, Jack fiat diversion et saisit l'arme du garde. Carter saisit son zat et l'utilise contre lui. Le garde redevient lui-même et demande des explications.

A l'extérieur, les forces de l'ATF se positionnent autour de la maison pour la prendre d'assaut si nécessaire.

A l'intérieur, Seth ordonne à ses fidèles de miner le terrain avec des bombes Goa'ulds. De leur côté, Sg-1 arrive dans une autre armurerie de la maison. Le garde se présent : Tom Levinson. Il demande des explications, et Daniel révèle qu'ils sont des amis de son père. Tom leur donne des zats. O'Neill lui demande alors de sortir les gens de la maison en utilisant les anneaux de transport. Puis Daniel et Jack trouvent un groupe de fidèles qu'ils zatent. Carter et Tom les évacuent.

A l'extérieur, les premiers fidèles sortent, accueillis par les hommes de l'ATF.

A l'intérieur, les transferts continuent. Mais Seth et quelques soldats apparaissent. Jack et Daniel tirent sur ces hommes, mais Seth est protégé par un bouclier d'énergie. Il utilise alors son bracelet pour assommer O'Neill et Jackson. Puis il active une bombe et s'enfuit par les anneaux.

Près de la grille de sortie, Levinson retrouve son fils. Teal'c arrive vers Jacob pour lui dire que le reste de l'équipe a été neutralisé et qu'il a besoin de l'assistance de Selmak. Ils descendent alors dans le couloir. Là, Daniel et Jack sont parvenus à fuir avant l'explosion. Tous recherchent activement Seth. Jacob porte un bracelet Goa'uld pour le neutraliser. Mais en croisant le Tok'ra, Seth se dévoile et utilise son bracelet pour le propulser contre la paroi. Selmak donne alors le bracelet à Samantha pour tuer le Goa'uld. Elle parvient à le retrouver et utilise le bracelet pour le mettre à terre, puis pour le tuer avec un second choc.

Quelques temps plus tard, Sam et Jacob vont chez Mark pour renouer les liens.