Lorsque des extraterrestres débarquent sur Terre par la Porte des Étoiles, le Colonel O'neill reprend contact avec Daniel Jackson, un archéologue resté sur Abydos après la victoire sur Râ.

Lorsque le Major Kawalsky est pris comme hôte par un Goa'uld, le SGC tente l'impossible pour extraire ce symbiote sans entraîner la mort de son hôte.

L'arrivée de Sg-1 par la Porte des Étoiles sur la planète Simarka remet en question la place de la femme et l'oppression de celle-ci dans cette société.

Les membres de Sg-1 sont infectés par un virus qui les transforment en être primitif. Janet doit alors trouver rapidement un vaccin avant qu'il ne soit trop tard.

Envoyés à la rescousse de Sg-9, les membres de Sg-1 découvrent que la population locale travaille comme des esclaves pour leur dieu, le Capitaine Hansen de Sg-9.

Sg-1 découvre une forme de vie cristalline possédant la faculté de prendre l'apparence des organismes avec laquelle elle desire communiquer.

Pressé par le Gouvernement d'acquérir de nouvelles technologies, Sg-1 tente de capturer une créature possédant un pouvoir d'occultation. L'opération tourne au drame lorsque Apophis arrive.

Sg-1 découvre une race possédant un cycle de vie extrêmement court. La situation devient critique lorsque O'neill commence à souffrir de ce vieillissement accéléré.

Teal'c et O'neill sont téléportés dans un labyrinthe lors de leur arrivée sur Cimméria, une planète possédant une technologie la protégeant des Goa'ulds.

En visionnant les archives de l'US Air Force, Daniel découvre qu'une personne aurait franchi la Porte des Étoiles en 1945 et serait toujours coincée sur une planète extraterrestre.

Teal'c apprend que son fils Ry'ac, est à present en âge de porter son premier symbiote. Il décide de repartir sur Chulak pour empêcher ce rituel.

Daniel est retenu prisonnier par une créature extraterrestre tandis que les membres de Sg-1 remettent en doute leurs souvenirs de la mort de Daniel.

Des fouilles archéologiques sur Terre permettent de découvrir un sarcophage contenant la Goa'uld Hathor, qui prend le contrôle du SGC dans le but d'y créer sa nouvelle armée.

Un virus cause la mort de tous les habitants d'une planète, à l'exception une petite fille nommée Cassandra. Carter la prend sous son aile sans se douter qu'il s'agit d'une ruse des Goa'ulds.

Sur la planète Cartago, un homme accuse Teal'c d'avoir tué son père alors qu'il servait les Goa'ulds. Teal'c est alors jugé et condamné à mort. O'neill tente de prouver l'innocence de Teal'c.

Sg-1 secoure les Tollans, une race très avancée technologiquement mais doit rapidement leur trouver un nouveau refuge avant que le Pentagone ne les fassent prisonniers.

Après un dysfonctionnement de la Porte des Étoiles, Carter et O'neill se retrouvent coincés dans un endroit au climat arctique, la Porte des Étoiles ne fonctionnant plus.

Après leur retour de mission, les membres de Sg-1 sont choqués de découvrir qu'ils ont été transformés en robot.

Après avoir touché un miroir sur un planète ayant récemment été attaqué par les Goa'ulds, Jackson se retrouve dans un univers parallèle ou la Terre est attaquée par les Goa'ulds.

Le sénateur Kinsey interroge Sg-1 pour vérifier la rentabilité du projet Stargate. Pendant ce temps, les Goa'ulds s'apprêtent à envahir la Terre.

Sg-1 décide d'aller sur la planète dont Daniel a découvert les coordonnées dans l'univers parallèle. Ils se retrouvent à bord d'un vaisseau Goa'uld s'apprêtant à envahir la Terre.