Toujours en cavale à bord d'un vaisseau Goa'uld en route vers la Terre, SG-1 essaie d'empêcher l'irréparable avec l'aide du jaffa Bra'tac, le mentor de Teal'c.

Alors que Sg-1 fait face à une sanglante attaque Goa'uld sur le monde de Nasya, Samantha est prise comme hote par un tok'ra, membre d'une faction Goa'uld rebelle.

Après avoir aidé involontairement un meurtrier en fuite, Sg-1 est envoyé sur une planète pénale où elle fera la connaissance de Linéa, une prisonnière très respectée pour ses grands pouvoirs.

Au cours d'une mission d'exploration, les membres de SG-1 sont subitement fais prisonniers par d'étranges machines qui leur font alors revivre les pires moments de leur existence.

Sur un monde inconnu, Sg-1 est envoyée travailler dans des mines tendis que Daniel expérimente le sarcophage Goa'uld sur les conseils de la princesse Shyla, après qu'il lui ait sauvé la vie.

Privé par SG-1 du dispositif Asgard qui protégeait leur monde des envahisseurs, les habitants de Cimméria subissent une attaque Goa'uld . SG-1 vient réparer sa faute.

Une étrange sphère extra-terrestre ramenée au SGC par SG-1 s'anime brusquement et met la vie d'O'Neill en danger.

Aidé de Bra'tac, SG-1 se rend clandestinement sur Chulak pour sauver Ry'ac, le fils de Teal'c enlevé par Apophis. Mais le piège est plus subtil qu'il n'y parait...

Daniel retourne sur Abydos, déçu de ne pas avoir pu sauver Sha're, et y découvre sa femme, qui attend un enfant. De son côté, O'Neill découvre une fuite dans le programme Porte des Etoiles.

Après avoir été piqué par un monstrueux insecte extra-terrestre en mission, Teal'c voit son état de santé se dégrader et comprend qu'il va se transformer.

Samantha, après avoir vu quelques souvenirs de Jolinar en rêve, demande l'autorisation de partir à la recherche des Tok'ras, la résistance Goa'uld contre les maîtres Goa'ulds.

Les négociations avec la tok'ra tournent mal, et sans même en avoir conscience, le père de Samantha devient l'unique espoir de cette alliance.

SG-1 enquête sur la disparition de SG-11, équipe travaillant à l'extraction du minerai de Trinium, et découvre que des forces supérieures gouvernent secrètement ce monde.

Lorsque la Terre est accusée du vol d'un artefact alien de haute technologie, SG-1 comprend que d'autres équipes que celles du SGC utilisent le réseau de portes.

Après avoir été exposé à un appareil alien inconnue, O'Neill commence à parler un langage étrange et à développer une aptitude incroyable aux sciences et à la technologie.

La porte terrestre se retrouve connectée à un monde proche d'un trou noir, qui empêche le vortex de se refermer. Si rien n'est fait, la Terre sera aspirée dans le à traver la porte.

Dans le laboratoire de Ma'chello, Daniel est touché par une technologie inconnue qui semble sans effet. Mais plus tard, SG-1 comprend que la conscience de Ma'chello contrôle le corps de Daniel.

Retrouvé blessé et mourant, Apophis est ramené au SGC par SG-1. Mais très vite, un autre goa'uld intervient et réclame qu'on lui livre Apophis.

Les indigènes de PJ2-245 sont frappés par une épidémie mortelle et SG-1 craint d'être à l'origine de l'arrivée de cette maladie.

Un enfant humain qui prétend être accompagné de sa mère invisible arrive au SGC et prévient qu'une attaque de reetous, aliens invisibles et puissants, est imminente.

Un dysfonctionnement de la porte ramène SG-1 sur Terre en 1969. SG-1 entreprend alors de regagner son époque sans altérer le cours des choses et reçoit une aide inattendue.

Jack se réveille dans un SGC futuriste et que tous ceux de son époque sont morts, y compris les membres de son équipe. Mais les choses ne sont pas ce qu'elles semblent être...