Lorsque la Terre est attaquée par Anubis, O'neill et Carter tentent de contacter leurs alliés grâce au X-302 mais la mission est un échec.

Carter et McKay doivent trouver une façon d'empêcher la destruction de la Terre. Rya'c accompagne son père en mission pour détruire l'arme utilisée par Anubis contre la Terre.

Sg-1 est coincée dans le vaisseau mère d'Anubis qui s'est écrasé dans l'océan Pacifique. Sg-1 doit rapidement s'échapper avant que l'eau n'envahisse le vaisseau.

Des scientifiques postés en Antarctique découvrent une femme ayant été emprisonnée dans la glace. Sg-1 est envoyée pour enquêter et est infectée par un virus mortel.

Carter, Teal'c et Jonas enquêtent dans une petite ville sur la mort d'un scientifique ayant un lien avec un Goa'uld. Ils remarquent alors que les habitants ont un comportement bien étrange…

O'neill, sous le contrôle d'un symbiote Tok'ra, est capturé et torturé par Ba'al. Pendant son incarcération, il est visité par un vieil ami qui lui demande de faire un choix difficile.

Des diplomates Kelowniens visitent le SGC pour demander une assistance militaire. Le Dr Keiran, l'ancien mentor de Jonas, l'avise alors qu'il a créé un groupe de résistant sur Kelowna.

Lorsque les membres de Sg-1 sont capturés par les Goa'ulds, une équipe de scientifiques décident d'aller les secourir. Mais est ce que Sg-1 a vraiment besoin de leur aide ?

La tension augmente entre les alliés de la Terre lorsque la base Alpha devient le refuge pour des Tok'ras en fuite et pour plusieurs Jaffas.

Une civilisation offre au SGC un médicament pouvant guérir toutes les maladies connues. En enquêtant sur ce médicament, Sg-1 découvre qu'il est créer à partir de symbiotes Goa'uld.

Une journaliste menace de tout révéler sur un projet militaire top secret. Le SGC décide alors de lui faire visiter le X-303, ne se doutant pas que cette journaliste est utilisée par le NID.

Les Asgards demandent l'aide de Sg-1 pour mener à bien un plan audacieux contre les Réplicateurs qui ont pris le contrôle d'une planète Asgard.

Lorsqu'une technologie rapportée par Sg-1 affecte la population civile aux alentours de la base, Sg-1 doit rapidement trouver une solution avant la panique générale.

O'neill est accusé du meurtre du sénateur Kinsey. Le reste de Sg-1 enquête pour essayer de démontrer l'innocence de O'neill dans cette affaire.

O'neill et Maybourne sont téléportés dans un endroit éloigné par un portail Furling. Ils devront alors apprendre à coopérer pour survivre jusqu'à l'arrivée des secours.

Sg-1 tente de secourir les habitants d'une planète qui servent de cobayes à Nirrty pour ses expérimentations génétiques mais ils sont capturés et deviennent ses nouveaux cobayes.

Le Pentagone révèle l'existence du SGC aux gouvernements Chinois, Français et Britannique et doit défendre le fait que le programme soit contrôlé par l'armée Américaine.

L'équipe découvre un vaisseau s'étant écrasé sur une planète et sont attaqués par des extraterrestres lorsqu'ils tentent de porter assistance aux survivants du vaisseau.

Ayant été blessé pendant un combat, Teal'c et Bratac doivent se partager le même symbiote, ce qui provoquent d'étranges hallucinations chez Teal'c.

Le Promethée est forcé d'atterrir sur un monde inconnu où la Porte des Étoiles est leur seul espoir de retourner sur Terre. Cependant, la population locale n'a jamais découvert la Porte.

Sg-1 découvre un population esclave d'un Goa'uld nommé « Mot », mais leurs plans pour libérer cette population sont compromis lorsque Jonas expérimente d'étranges visions du futur.

Daniel avertit Sg-1 que Anubis se dirige vers Abydos pour y récupérer une arme puissante: « L'Oeil de Râ ». Sg-1 débarque alors sur Abydos pour protéger la planète des attaques d'Anubis.