Lorsque la base secrète Icarus est attaquée, le personnel est évacuée par la Porte des Étoiles et se retrouve à bord du Destiny, un vaisseau Ancien, situé aux confins de l'univers.

Coincé sur le Destiny, les évacués d'Icarus explorent le vaisseau et découvre que ce dernier est en très mauvais état et que les systèmes de survie sont sur le point de rendre l'âme.

Le Lieutenant Scott dirige une mission sur une planète désertique dans le but de récupérer un minerai capable de réparer le système de purification de l'air du vaisseau.

La survie des évacués d'Icarus est menacée lorsque les réserves énergétiques du vaisseau sont presque épuisées et que le Dr. Rush devient mentalement instable.

Avec le Destiny sur une trajectoire de collision avec une étoile, l'équipage doit décider qui restera et qui utilisera la seule navette du vaisseau pour s'échapper et tenter de trouver une planète habitable.

Malgré le rationnement de l'eau potable sur le vaisseau, le Colonel Young et le Lieutenant Scott n'ont d'autre choix que de monter une expédition sur une dangereuse planète couverte de glace.

Alors que l'équipage utilise les pierres de communication pour entrer en contact avec parents et amis sur Terre, le SGC propose un plan dangereux pour tenter de les ramener à la maison.

Une équipe du Destiny se rend sur une planète où ils découvrent en pleine jungle un de leur Kino contenant des images d'eux qu'ils n'ont pas encore enregistré.

L'équipage découvre un dispositif qui leur offre la possibilité de retourner à la maison.

Le colonel Young cède les commandes du vaisseau après avoir été impliqué dans le meurtre d'un des membres de l'équipage.

Un disfonctionnement avec les pierres de communications envoi l'esprit du colonel Young dans le corps d'un être inconnu puis un vaisseau alien attaque le Destiny et enlève Chloé.

Pendant que Scott et Young recherche un dispositif de tracking alien sur la coque du vaisseau, Rush, Wray et quelques civils tentent un coup d'état pour reprendre le contrôle du vaisseau aux militaires.

D'une manière inattendue, le Destiny sort de l'hyperespace pour entrer en orbite d'une étoile inconnue avec une seule planète dans le système et le compte à rebours du vaisseau ne se déclenche pas.

Le Dr Rush désobéit aux ordres et se connecte à l'ordinateur du vaisseau à travers l'interface neuronale pour essayer d'obtenir le code permettant de débloquer les commandes.

Le Destiny repart en hyperespace en laissant Scott, Eli, Chloe et Greer pris au piège dans les ruines d'un labyrinthe souterrain. Cela oblige Rush et le colonel Young à élaborer un plan pour les récupérer avant que le vaisseau ne quitte la galaxie.

Une experte en hyper-propulsion arrive sur le Destiny grâce aux pierres lorsque le vaisseau semble être à court d'énergie avant qu'il atteigne sa prochaine destination, ce qui laisserait l'équipage à la dérive.

T.J. doit identifier la cause d'une infection lorsque l'équipage du vaisseau est en proie à des hallucinations qui font remonter les peurs et les craintes de chacun.

Le Dr Rush et le Homeworld Command enquêtent sur le colonel Telford qui est soupçonné de livrer des informations sur le Destiny à l'alliance Luxienne.

L'alliance Luxienne parvient à infiltrer le Destiny et prend en otage plusieurs membres de l'équipage pour obtenir le contrôle du vaisseau.

Tandis que le Colonel Young et Kiva continuent de s'affronter pour s'assurer le contrôle du Destiny, un pulsar émettant des radiations mortelles menace tout l'équipage...