Lorsque la base secrète Icarus est attaquée, le personnel est évacuée par la Porte des Étoiles et se retrouve à bord du Destiny, un vaisseau Ancien, situé aux confins de l'univers.

Coincé sur le Destiny, les évacués d'Icarus explorent le vaisseau et découvre que ce dernier est en très mauvais état et que les systèmes de survie sont sur le point de rendre l'âme.

Le Lieutenant Scott dirige une mission sur une planète désertique dans le but de récupérer un minerai capable de réparer le système de purification de l'air du vaisseau.

La survie des évacués d'Icarus est menacée lorsque les réserves énergétiques du vaisseau sont presque épuisées et que le Dr. Rush devient mentalement instable.

Avec le Destiny sur une trajectoire de collision avec une étoile, l'équipage doit décider qui restera et qui utilisera la seule navette du vaisseau pour s'échapper et tenter de trouver une planète habitable.

Malgré le rationnement de l'eau potable sur le vaisseau, le Colonel Young et le Lieutenant Scott n'ont d'autre choix que de monter une expédition sur une dangereuse planète couverte de glace.

Alors que l'équipage utilise les pierres de communication pour entrer en contact avec parents et amis sur Terre, le SGC propose un plan dangereux pour tenter de les ramener à la maison.

Une équipe du Destiny se rend sur une planète où ils découvrent en pleine jungle un de leur Kino contenant des images d'eux qu'ils n'ont pas encore enregistré.

L'équipage découvre un dispositif qui leur offre la possibilité de retourner à la maison.

Le colonel Young cède les commandes du vaisseau après avoir été impliqué dans le meurtre d'un des membres de l'équipage.