Samantha Carter organise une mission de secours pour venir en aide aux habitants d’un monde victimes d’une explosion massive. En même temps, elle doit combattre Michael et sa nouvelle armée de "super wraith" car ce dernier veut lui aussi récupérer des survivants de l’explosion

Quand un organisme étranger frappe d'incapacité le Docteur Keller, le docteur Beckett est sorti de sa stase pour trouver une solution à ce mystérieux problème

Ronon est capturé par les Wraiths qui tentent de le transformer en adorateur des wraiths par le biais d'un lavage de cerveau

Un vaisseau identique au Dédale apparait inexplicablement. Après être montés à bord, un pic d'énergie se produit et la cité d'Atlantis a disparu. Le vaisseau se déplace dans des dimensions parallèles. L'équipe doit alors tout faire pour revenir dans notre dimension.

Quand les Asuran tentent de faire l'ascension, celà entraine quelques problèmes et le Dr Weir utilise Fran pour communiquer avec Atlantis.

Rodney McKay souffre d'une version pégasienne du virus Alzheimer et perd très rapidement la mémoire et retourne à un état enfantin. Son état a été diagnostiqué trop tard pour le soigner mais Ronon pourrait bien avoir la réponse qui le sauvera.

Revenu d'entre les morts, le Dr Beckett et une équipe d'exploration font une découverte intéressante sur une autre planète.

Teyla se fait passer pour la Reine de Todd afin de mener des négociations avec d'autres vausseaux ruches.

L'équipe se rend sur un monde récemment visité par les Wraiths, mais ils doivent rapidement secourir le Dr Keller qui s'est fait kidnapper par un "runner"

Daniel revient sur Atlantis pour faire quelques recherches sur Janus, un scientifique Lantien

Les membres de l'équipe de Sheppard se retrouvent dispersés un peu partout dans la galaxie

Sheppard et son équipe doivent évacuer des survivants de l'empoisonnement à la drogue Hoffan avant qu'ils ne soient exterminés par les Wraiths...

L'équipe de Sheppard doit répondre de ses actes dans la galaxie face à une coalition d'humain de Pegase

La situation sur Atlantis est grave, Michael est parvenu à s'infiltrer dans la cité et à en prendre en partie le contrôle...

Alors que Sheppard a été enlevé et que Woolsey fait la connaissance de la mystérieuse docteur Conrad, l'expédition fait une découverte choquante sur la nature d'une ancienne race ayant vécue sur cete planète.

Rodney McKay retrouve son rival lors d'une démonstration scientifique qui va réserver des sueurs froides à tous les invités.