Carter et Teal'c tentent de contacter les Asgards pour sauver O'neill mais découvrent que l'ennemi le plus féroce des Asgards, les Réplicateurs, sont de retour pour se venger.

La Terre considère une alliance avec les Seigneurs Goa'ulds. Pendant ce temps, Sg-1, avec l'aide de Thor, tente d'empêcher les Réplicateurs de détruire la nouvelle colonie Asgard.

Le SGC est placé en quarantaine lors qu'un officier Russe est atteint d'une mystérieuse maladie. Cependant, cette maladie pourrait ne pas en être une.

O'neill et le SGC doivent se préparer à la visite du Président des États-Unis, mais plusieurs catastrophes surviennent dont la capture de Sg-1 par le Seigneur Goa'uld Ba'al.

Daniel Jackson se retrouve coincé sur une autre planète lorsque l'arrivée de Sg-1 provoque un violent conflit entre deux nations.

Teal'c est prisonnier dans une simulation virtuelle dans laquelle il doit protéger le SGC contre un super soldat s'étant introduit dans la base.

Teal'c, qui vient tout juste d'emménager dans son premier appartement se voit accuser de meurtre. Sg-1 devra alors tenter d'innocenter Teal'c.

Lorsqu'un homme d'affaire reconnu, menace de dévoiler l'existence des extraterrestres à la population, le SGC n'a d'autre choix que de l'informer de la situation.

Le mariage de Rya'c est le dernier souci de Teal'c lorsque Ishta est capturée par Moloc après une tentative ratée de révolte contre les Goa'ulds.

Lorsque la Porte des Étoiles est volée, Sg-1 découvre qu'une organisation criminelle possède un vaisseau en orbite terrestre. Teal'c enquête sur la mort de plusieurs milliers de Jaffas.

Un double du Colonel Carter demande l'aide du SGC pour vaincre le Réplicateur "Cinquième" qui aurait trouvé une façon de neutraliser la toute dernière arme des Asgards.

Après que le Promethée eut répondu à un signal de détresse de la part d'un vaisseau Goa'uld, Daniel se voit prisonnier lorsque le vaisseau se fait voler.

Sg-1 vient en aide à un peuple sur le point d'être envahi par les Goa'ulds, sans se douter que le roi de ce peuple n'est nul autre que Harry Maybourne.

Les relations entre les États-Unis et la Russie de détériorent lorsque les militaires Russes affirment que le gouvernement Américain a été infiltré par les Goa'ulds.

Un barbier de l'Indiana contacte Jack O'neill, affirmant avoir eut des visions des missions de Sg-1 depuis plus de 7 ans.

Les réplicateurs entre en guerre contre les Goa'ulds, forçant Ba'al à demander l'assistance de la Terre. La résistance Jaffa assemble une armée pour reprendre une ville sainte.

Le sort de la galaxie repose entre les mains de Carter et Selmak qui recherchent la seule arme capable d'annihiler les réplicateurs. Le SGC tente de résister à l'invasion des Réplicateurs.

Daniel doit décider s'il préfère mettre sa vie en danger ou faire son ascension lorsque Oma Desala lui offre une seconde chance.

Sg-1 voyage dans le passé pour récupérer un ZPM appartenant à Râ, le très puissant Goa'uld qui dirigea autrefois l'Égypte Ancienne.

Lorsque la ligne temporelle est modifiée par les actions de Sg-1 dans le passé, une version altérée de Sg-1 doit utiliser le vaisseau temporel pour remettre les choses en ordre.