Après avoir été sortit de son état de stase qui s’est étalé sur 2 mois, le clone du Dr Beckett créé par Michael est retourné sur Terre pour profiter de quelques moments de repos. De retour sur Atlantis, celui-ci doit rejoindre le Colonel Sheppard pour une mission d’exploration sur une autre planète.

Les 2 hommes traversent une foret alien pour gagner le point de rendez vous avec une autre équipe dirigée par le Major Anne Teldy. Cette équipe d’exploration est composée du Capitaine Alicia Vega, du Sergent Dusty Wells et de la jolie Dr Alison Porter. L’équipe a appelé Sheppard et Beckett car elles ont fait une découvert des plus intéressantes : un laboratoire Wraith caché dans un réseau de caves souterraines et à l’intérieur de celui-ci se trouve des douzaines d’humanoïdes en état de stase.

Les Dr Beckett et Porter étudient le laboratoire ainsi que la condition des “patients”. L’équipe suspecte que les humanoïdes sont le fruit d’une expérience de Michael. Pendant qu’ils continuent leurs investigations, Teldy, Vega et Sheppard brise la glace. Le Colonel évoque le sort de la station spatiale Midway et notamment le fait que l’IOA hésite à la reconstruire

Pendant ce temps, Carson Beckett essaye de rester concentré mais le fait de voir toutes ces personnes en stase le trouble car celà lui rappelle sa propre expérience. Cette situation l’amène à en discuter avec le Dr Porter de ce qu’il s’est passé lorsqu’il est apparu sur le seuil de la porte de la maison familiale et que sa mère lui a ouvert a vu son fils 2 ans après sa mort. Au fil de la discussion, les 2 scientifiques deviennent plus proches.

A la fin de la journée, le groupe décide de passer la nuit dans le village voisin du lieu de leur recherche bien qu’ils ne se doutent pas un instant que des forces toutes proches conspirent contre eux et que les cobayes de Michael sont sur le point de se réveiller...