L'expédition d'Atlantis aidée par le nouveau vaisseau Terrien se prépare à défendre la cité contre l'assaut des Wraiths.

Alors que le Dédale retourne vers Atlantis, un virus informatique d'origine Wraith prend le contrôle de l'appareil.

L'équipe Atlantis part à la recherche de Aiden Ford qui s'est enfui après avoir connu une mutation. Mais durant cette recherche, ils vont découvrir un homme devenu la proie des Wraiths.

Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Les scientifiques de la mission vont alors tout faire pour que la situation redevienne normale.

L'équipe d'Atlantis arrive sur une planète qui vit en relative harmonie avec un Wraith. Les habitants livrent leurs prisonniers et criminels aux Wraiths pour être en paix.

Ronon Dex découvre que son peuple n'a pas totalement été annihilé par les Wraiths puis il part à la recherche de Kell, son ancien maître d'arme, pour régler quelques affaires.

L'équipe découvre une jeune fille Wraith qui est élevée par un humain, se cachant des habitants de son village craignant pour sa vie.

L'équipe se bat contre la montre afin de trouver un antidote à un rétrovirus qui transforme lentement Sheppard en Wraith.

Quand l'équipe découvre un vaisseau Ancien, McKay et Sheppard sont surpris de découvrir que l'équipage à bord connaît une faille à propos de la technologie Wraith.

L'équipe est capturée par le Lt Ford, qui dirige un groupe de personnes comme lui qui ont besoin de récupérer l'enzyme des Wraiths.

Sheppard doit entamer une course contre la montre pour sauver McKay et Ronon capturés et retenus en otage à bord d´un vaisseau ruche.

Sheppard se retrouve coincé sur une planète où le temps passe plus rapidement, sans possibilité de contacter son équipe ou de rejoindre Atlantis.

Lorsque qu'une balise est activée depuis la cité, alertant les Wraiths de sa présence, les soupçons se portent vers un nouvel arrivant de la Terre.

Quand le Docteur McKay se retrouve prisonnier d'un Jumper en perdition dans l'océan, il doit compter sur Samantha Carter pour survivre.

L'équipe découvre un monde qui possède de la technologie défensive Ancienne, où le Colonel Sheppard se trouve être un pion dans la rivalité entre les prétendants au trône.

Sheppard et Weir deviennent une menace pour Atlantis quand leurs esprits se retrouvent sous le contrôle de deux êtres hostiles.

Alors que l'équipe apprend que les Genii se montrent de nouveau menaçant, ils réalisent que la trêve avec leur ancien ennemi pourrait bien prendre fin.

Un jeune Lieutenant amnésique fait une découverte perturbante à son sujet : il est un Wraith transformé par le rétrovirus du Docteur Beckett.

Sur un autre monde, l'équipe découvre une base Ancienne occupée par les autochtones. Mais le volcan dans lequel elle se trouve va se réveiller, menaçant de détruire le complexe.

Atlantis reçoit un message étrange : des Wraiths seraient prêts à s'allier avec eux afin de détruire leur congénères. Mais rapidement, cette alliance va se retourner contre les terriens.