L'équipe Atlantis part à la recherche de Aiden Ford qui s'est enfui après avoir connu une mutation. Mais durant cette recherche, ils vont découvrir un homme devenu la proie des Wraiths.
Une technologie Wraith transfère la conscience du Lieutenant Cadman dans la tête de McKay. Les scientifiques de la mission vont alors tout faire pour que la situation redevienne normale.
L'équipe d'Atlantis arrive sur une planète qui vit en relative harmonie avec un Wraith. Les habitants livrent leurs prisonniers et criminels aux Wraiths pour être en paix.
Ronon Dex découvre que son peuple n'a pas totalement été annihilé par les Wraiths puis il part à la recherche de Kell, son ancien maître d'arme, pour régler quelques affaires.
Quand l'équipe découvre un vaisseau Ancien, McKay et Sheppard sont surpris de découvrir que l'équipage à bord connaît une faille à propos de la technologie Wraith.
L'équipe découvre un monde qui possède de la technologie défensive Ancienne, où le Colonel Sheppard se trouve être un pion dans la rivalité entre les prétendants au trône.
Alors que l'équipe apprend que les Genii se montrent de nouveau menaçant, ils réalisent que la trêve avec leur ancien ennemi pourrait bien prendre fin.
Sur un autre monde, l'équipe découvre une base Ancienne occupée par les autochtones. Mais le volcan dans lequel elle se trouve va se réveiller, menaçant de détruire le complexe.
Atlantis reçoit un message étrange : des Wraiths seraient prêts à s'allier avec eux afin de détruire leur congénères. Mais rapidement, cette alliance va se retourner contre les terriens.