Je pense pour ma part que le choix de janus est le bon, et ce pour plusieurs raisons :
1) Comme beaucoup l'ont relevé, les Wraiths se seraient de toute façon réveillés.
2) Ils pourraient évidemment prendre Atlantis. Mais la galaxie elle-même est probablement pleine de technologie des Anciens que les Wraiths sont susceptibles de découvrir (ce privilège n'est pas réservé aux Terriens : les Goa'ulds ont trouvé pas mal de technologie dans notre Galaxie).
En tout état de cause, avec une race aussi puissante, on ne peut pas empecher de manière absolue les Wraiths de se procurer d'une manière ou d'une autre certaines technologies très avancées.
3) La situation pourrait se déteriorer : bah, franchement...oui pour les Terriens, en cas d'invasion de la Terre et de la Voie Lactée, on peut dire que la situation ne se serait pas "améliorée"...
servir de repas, bof bof, non ??
Mais après tout, les Wraiths ont peut-être déjà réussi à quitter la galaxie de Pégase, où s'apprêtent-ils à le faire pour d'autres galaxies (il n'y a pas que la nôtre après tout, si l'univers est infini...) puisqu'ils se réveillent tous.