Depuis la création du programme d'exploration en 1997, la ligne de commandement a évolué au fil des années. Historiquement lié à l'US Air Force, le programme se veut aujourd'hui de plus en plus mondial, en impliquant les pays membres de l'ONU. Actuellement, le Programme regroupe plusieurs bases de recherches scientifiques et militaires, principalement aux États-Unis et des entités d'explorations sur au moins trois galaxies.
Le schéma ci-dessous indique les principales lignes de commandement et la majorité des branches du programme d'exploration "porte des étoiles" :
Les deux entités dirigeantes sont le C.I.S et le président des États-Unis d'Amérique. Ils financent et orientent les choix politiques du Programme.
Vient ensuite, le Homeworld Command, l'entité centrale du commandement, regroupant toutes les branches du Programme sur Terre et dans l'espace depuis 2004.
Ces branches sont divisées en quatre grands ensembles : Atlantis, le Stargate Command, le projet Icare et l'Air Force Space Command. Une cinquième branche annexe, le N.I.D, directement sous l'autorité du président des États-Unis, est là pour inspecter les entités du Programme et enquêter sur diverses affaires liées de près ou de loin aux activités de la porte des étoiles sur Terre.
Chacun de ces quatre grands ensembles ont, sous leur responsabilité, un certain nombre d'entités plus petites. Le S.G.C, par exemple, contrôle les équipes d'exploration de la Voie Lactée ainsi que les diverses bases interplanétaires de la galaxie.
L'Air Force Space Command quant à lui, contrôle les défenses spatiales et le secteur recherches et développements du Programme situé dans la zone 51. Sous l'égide de l'A.F.S.P.C, on retrouve également la flotte de vaisseaux terriens, les croiseurs DSC-304, les escadres de chasseurs F-302 et l'avant poste de défense Ancien.