je suis un peu perdue dans votre chronologie.
quand les Altérans quittent leur planète, les Oris sont de chair et de sang. C'est manifestement un mouvement religieux autoritaire qui impose sa croyance de l'ascension (ce n'est qu'après leur ascension qu'ils se font passer pour des Dieux). Ensuite les Oris suivent leur évolution jusqu'à l'ascension et une seconde évolution (naturelle ou pas) de leur espèce, comme dans la Voie Lactée et Pégase
L'arche de vérité n'est donc pas une arme contre des êtres élevés, elle est simplement faite pour lutter contre les mensonges d'un groupe (on en aurait bien besoin sur Terre)
Il est normal que deux groupes qui sont issus de la même culture, la même société, les mêmes connaissances etc., finissent par découvrir les mêmes choses. Si un Ancien a pensé aux portes, aux anneaux, les Oris y sont aussi arrivés.
La peste qui a éteint les Anciens ne peut pas venir des Oris parce que
1) les Oris élevés ignoraient où sont les Anciens jusqu'à ce que Daniel et Vala leur disent. Or s'ils avaient envoyé la peste, ils auraient déjà eu cette information.
2) les Terriens ont trouvé en quelques mois comment soigner cette maladie. Difficile de croire d'une part que Frasier n'aurait pas trouvé que c'était la même maladie qui avait atteint Jack, et d'autre part que les Anciens n'avaient pas été capables de trouver un remède que des êtres bien moins évolués ont su trouver si vite.
Quant à la religion des Oris, elle disparait mais pour faire place à une philosophie, toujours basé sur le livre des Origines (le "mari" de Vala explique bien ça), ce qui devrait être l'évolution normale de toute religion : on supprime le mythe, les légendes pour n'en conserver que le message permettant d'organiser la vie en société (ce que font les sociétés évoluées sur Terre, en tout cas, ce qu'elles essaient de faire). La SF c'est toujours faire passer un message sans choquer (Allez, on a compris, Jésus était un ancien qui a débloqué et qui a été rappelé fissa par les autres
)