Dans « Le grand sommeil », la cité est totalement engloutie. Pendant longtemps, j’ai cru que c’était une déficience dans la programmation, ou simplement que les Anciens n’avaient pas pensé que la cité pourrait être à court d’énergie, qu’ils pensaient revenir avant. Mais en fait, c’était totalement voulu.
D’une part, si la cité était remontée à la surface, n’importe qui, surtout les Wraiths, auraient pu s’en emparer.
Et d’autre part, Melia dit bien dans l’hologramme que
La cité était donc clairement destinée aux Anciens. Lors de leur départ, il était seulement prévu que ce soit eux qui y retournent un jour, et personne d’autre.CITATION "In the hopes that one day, our kind, will return"
Seule la Terre pouvait contacter Atlantis. En plus, comment expliquer le fait qu’il n’y ait aucune indication concernant les EPPZ, ou sur les moyens d’en trouver ? C’est Janus qui a du donner en secret à Old Weir des coordonnées indiquant des endroits où l’on pourrait trouver ces sources d’énergie. Et la programmation qu’a effectué Janus corrobore encore plus ma thèse : seuls des Anciens disposant de sources d’énergie tels que les EPPZ, et sachant parfaitement manipuler la cité, avaient la possibilité de retourner sur Atlantis. Il fallait disposer d’énergie pour devenir le véritable héritier de la cité. Si ce n’était pas le cas, Atlantis était un véritable piège qui se refermerait sur les intrus pas assez évolués, comme on l’a vu dans « Le grand sommeil ».
Le fait que la cité soit restée posée au fond de l’océan est donc parfaitement normal.
Ainsi, Janus est allé encore plus à l’encontre de la volonté du Conseil qu’on ne le croyait. Il a véritablement offert la cité à l’expédition, alors qu’à la base, selon toute vraisemblance, la cité était vouée soit à disparaître, soit à être de nouveau habitée par des Anciens.
Ce qui amène une question : pourquoi ne sont-ils pas revenus? Et pourquoi vouloir revenir alors qu'il y aurait toujours les Wraiths?
Mélia dit bien que les Anciens souhaitaient qu’un jour leur espèce revienne, mais d’après les éléments que j’ai présenté, c’est bel et bien aux Anciens que la cité était destinée, et non à des humains, même Terriens.
Spoiler
D’après ce que je sais, Moros est Merlin, et a empêché d’une certaine manière les Oris d’accéder à la Voie Lactée avec une arme, et les Oris posaient déjà problème à cet époque.
Ainsi, Pégase et la cité ont été totalement mis de côté par les Anciens, elle n'avait plus d'intérêt pour eux. Refusant une telle finalité, il a décidé d’agir en allant totalement à l’encontre de la volonté du Conseil. Les autres ont du le foudroyer sur place lorsqu’ils ont découvert ses agissements. Donner la cité à ceux qui ne la méritent pas a du être considéré comme un acte de haute trahison.
Sans Janus, la cité aurait été définitivement engloutie. Pour tout vous avouer, lorsque j’ai fait cette réflexion, j’étais très mal à l’aise. Je trouve cela terrible que la cité, qui est quand même un joyau de la civilisation des Anciens, ait pu avoir une fin si tragique, si médiocre, totalement abandonnée par ses créateurs.
un empire altéran de 2 galaxies 
