Le Dr McKay fût envoyé au SGC pour assister Carter lorsque Teal'c resta coincé dans la mémoire tampon de la Porte des Étoiles. Son pessimiste lui valu une affection en Russie, où il doit superviser l'analyse d'un réacteur au Naquadah. Il revint au SGC pour assister Carter lorsque Anubis se servit de la Porte des Étoiles comme arme pour détruire la Terre. C'est pendant cet évènement qu'il avoua à Carter qu'il avait un petit faible pour elle. Il retourna alors à son affectation antérieure. McKay fût par la suite envoyé en Antartique pour étudier l'avant poste des Anciens découvert par Sg-1. McKay fait parti de l'équipe envoyée par la Porte des Étoiles pour explorer la Cité Perdue des Anciens.