Né d'une mère écossaise et d'un père norvégien (cousin du célèbre explorateur Thor Heyerdahl), Christopher naît pourtant au Canada en Colombie-Britanique. Il possède la double nationalité canadienne/norvégienne et parle 3 langues (anglais, norvégien et français).
Il commence sa carrière d'acteur en 1993 avant de jouer en 1994 dans Highlander III avec Christophe Lambert. Sa carrière est déjà riche de près de 50 films ou séries comme John Doe, Andromède, Smallville, Catwoman ou encore Les Chroniques de Riddick. En 2007, on peut le voir dans Sanctuary au côté d'Amanda Tapping.
Christopher Heyerdahl fait partie des quelques acteurs que l'on peut voir dans la franchise Stargate sous différents rôles. Après avoir joué Pallan dans SG-1, il incarne dans Stargate Atlantis Halling puis Todd (saison 4).